Seorang remaja yang dibesarkan sebagai seorang anak yatim semasa kecil kembali ke bandar zaman silamnya. Sejurus selepas berpindah sekolah ke Sekolah Menengah Gekkoukan, dia diserang oleh beberapa Shadows - makhluk yang hidup dengan memakan minda mangsa-mangsa mereka. Serangan tersebut membangkitkan Persona di dalam dirinya, Orpheus, yang merupakan satu-satunya peluang yang dimiliki untuk menewaskan makhluk hitam itu. Dia kemudian mendapati bahawa dia berkongsi kuasa istimewa ini dengan murid-murid lain di sekolah barunya. Menerusi merekalah dia mengetahui tentang kewujudan "Dark Hour" (Waktu Gelap), sebuah dimensi dunia yang wujud di antara satu-satu hari dan hari kemudiannya, dihuni penuh oleh makhluk Shadows. Dia menyertai kumpulan Specialized Extracurricular Execution Squad (SEES) ataupun Pasukan Pelaksana Khusus Aktiviti Tambahan, dan bersama rakan-rakannya, mula menentang ancaman Shadows.

Selepas menandatangani satu kontrak di mana dia "menerima takdirnya di atas pilihannya sendiri," Watak Utama Persona 3 mula menentang Greater Shadows, jelmaan semula sifat-sifat dan bentuk yang serupa dengan Arcana Major dua belas pertama di dalam permainan Pakau. Semasa ini berlaku, dia tidak putus-putus bertemu dan akhirnya bersahabat dengan seorang budak lelaki yang memberinya kontrak tersebut pada permulaan kisah judul ini, yang merupakan satu entiti yang mengelar dirinya sebagai Pharos, mahupun identiti sebenarnya ialah Death, iaitu Arcana yang ketiga belas.

Watak-watak

Persona 3 bertumpu di sekitar kehidupan Watak Utama (Main Character). Berbeza daripada kebanyakan judul RPG yang lain, dia tidak mempunyai nama yang ditetapkan--meskipun ini adalah kebiasaan dalam permainan video MegaTen secara umumnya supaya dapat menyebarkan sifat normal Watak Senyap; di dalam keluaran manga yang rasmi dia digelar Minato Arisato. Dia mempunyai kelebihan yang unik berbanding ahli SEES yang lain kerana keupayaannya untuk mengubah Persona dalam pertarungan.

Selain daripada Watak Utama, terdapat sembilan orang watak lain yang boleh dikawal secara tidak langsung oleh para pemain. Setiap daripada mereka mempunyai hanya satu Persona dan diberi kategori arcanum mereka tersendiri. Watal-watak ini diperkenalkan secara beransur-ansur apabila para pemain meneroka kisah ini dengan lebih mendalam. Selepas beberapa ketika barulah antagonis utama yang lain diperkenalkan, dan mereka juga mempunyai keistimewaan untuk menyeru Persona. Para antagonis ini, yang mengelar kumpulan mereka sebagai Strega, mempunyai Persona tiruan dan memerlukan dadah untuk mengelakkan Persona mereka daripada membunuh mereka.